任天堂の販売するソフト『大乱闘スマッシュブラザーズ SPECIAL』にて、Nintendo Switch 2でプレイした際に不具合が起こることがあると公式からアナウンスがされている。
マイニンテンドーストアページの記載によれば、オンラインプレイにてSwitch 2のプレイヤーと初代Switchのプレイヤーがマッチングした際に、誰かがMiiファイターを使用していると試合がすぐに終了する場合がある。問題が修正されるまで、オンラインプレイでは Miiファイターの使用をなるべく控えるようにとのこと。

また、Miiファイターを作ったり変更して保存した時、Miiファイターを表示するサムネイル画像が正しく生成されない場合もある。これは再度保存し直すことで症状が改善する場合があるという。任天堂は、近日、修正を予定しているとしている。

Nintendo SwitchソフトのNintendo Switch 2における動作状況は、こちらのページで詳しく説明されている。
その他の任天堂タイトルでは『ピクミン3 デラックス』において1日の始まりや終わりの場面など、ゲーム中のいくつかのシーンで一瞬画面全体がちらつく現象が起こることが報告されている。こちらも近日修正予定とのことだ。